A Procuradoria-Geral de Justiça é órgão operacionalizador das funções ministeriais, exercidas através dos seus órgãos administrativos, que constituem sua estrutura organizacional, com a seguinte divisão:


a) Decisão superior, exercida pelos colegiados ministeriais:
• Colégio de Procuradores de Justiça;
• Conselho Superior do Ministério Público-ES;

b) Administração Superior, exercida pelas autoridades responsáveis pelo comando da instituição, para execução das deliberações dos colegiados:
• Procurador-Geral de Justiça;
• Subprocurador-Geral de Justiça Administrativo;
• Subprocurador–Geral de Justiça Judicial;
• Subprocurador–Geral de Justiça Institucional;

c) Execução das atividades fim, exercidas pelos órgãos executores do Ministério Público:
• Corregedoria-Geral do Ministério Público;
• Procuradorias de Justiça;
• Promotorias de Justiça;

d) Execução das atividades meio, exercidas pelos órgãos de execução administrativos:
• Gerência-Geral e suas unidades organizacionais;
• Assessorias;
• Apoio Administrativo.

Compete à Procuradoria-Geral de Justiça praticar atos próprios de gestão administrativa, incluindo:
• planejar, organizar, coordenar, fiscalizar e controlar suas ações e resultados;
• exercer o controle administrativo e financeiro da instituição;
• definir e alterar sua estrutura organizacional e quadro de cargos;
• estabelecer suas políticas organizacionais relativas à administração de recursos humanos,  orçamentários e patrimoniais, e às funções ministeriais.

A gestão administrativa possui dois controles, o interno realizado por sua Auditoria Interna e a externa, realizada pelo Tribunal de Contas-ES.

DO PROCURADOR-GERAL DE JUSTIÇA

Autoridade maior da administração superior do MP-ES, eleito em lista tríplice, formada por processo eletivo com participação de todos os membros do MP-ES, com a função de gerenciar a execução das políticas organizacionais, das funções institucionais e das deliberações dos colegiados. 

DOS SUBPROCURADORES-GERAIS DE JUSTIÇA

Autoridades da administração superior do MP-ES, escolhidos pelo Procurador-Geral de Justiça, divididos em Judicial — para gerenciamento dos assuntos relativos às funções judiciais de natureza fim, e administrativo — para gerenciamento das funções de apoio administrativo de natureza meio.

Compete basicamente aos Subprocuradores–Gerais de Justiça a substituição automática do Procurador-Geral de Justiça nas faltas e ausências, o gerenciamento das atividades de sua área de atuação, e demais atribuições delegadas.

DAS UNIDADES ORGANIZACIONAIS DE NATUREZA MEIO E FIM

Unidades integrantes da estrutura organizacional responsáveis pela execução direta das atividades institucionais e pelo atendimento direto à comunidade