O Núcleo de Proteção aos Direitos Humanos e os Subnúcleos foram instituídos através do ATO Nº 16 de 2012.

Art. 3º O Núcleo e os subnúcleos, como unidades de auxílio à atribuição funcional dos Procuradores e Promotores de Justiça do MP-ES, terão como objetivos:

I - implementar a política institucional de Direitos Humanos e fomentar a execução de sua estratégia;
II - coordenar, acompanhar e avaliar a atuação do Ministério Público no cumprimento dos programas e ações definidos pelos Planos Nacional e Estadual de Direitos Humanos, bem como no Plano Estratégico editado do Grupo Nacional de Direitos Humanos do Conselho Nacional de Procuradores-Gerais - GNDHCNPG;
III - estimular no Ministério Público a promoção de ações que viabilizem a implementação de políticas, programas e projetos na defesa dos Direitos Humanos e na articulação com os movimentos sociais, prestando-lhes o apoio técnico especializado;
IV - articular a promoção de ações e a viabilização de projetos e políticas públicas relativos aos movimentos sociais;
V – interagir com os demais órgãos de defesa e proteção dos Direitos Humanos;
VI - coletar e processar informações referentes à atuação do Ministério Público na defesa dos Direitos Humanos, visando à socialização de suas atividades e resultados, de modo a fomentar a atuação dos órgãos de execução;
VII - estimular a efetiva participação da sociedade civil na defesa dos Direitos Humanos;
VIII - sugerir projetos e ações a serem submetidos ao Programa Nacional de Segurança Pública com Cidadania - PRONASCI, à Secretaria Especial de Direitos Humanos - SEDH e à cooperação internacional.